По умолчанию для хранения данных сервера и транспортов используются файлы в формате XML. При повреждении этих файлов можно восстановить данные вручную или с помощью специальных утилит, например, из библиотеки libxml2.
xmllint --recover filename
Более сложные драйвера для хранения данных, например, в базе данных, как правило, обеспечивают целостность данных собственными средствами, транзакциями и т.п. В любом случае стоит регулярно создавать резервные копии данных сервера.
При потере связи с основным сервером jabber внешние транспорты и сервисы автоматически завершают работу, и не нуждаются в специальном выключении при остановке или падении сервера.
